Несколько причин, по которым некоторые початки кукурузы могут иметь потемневшие зёрна:

• Грибковая инфекция. 1 Чем дольше хранится кукурузный початок, тем чернее он становится из-за разложения. 1
• Болезни кукурузы. 2 Например, фузариоз початков. 2 Возбудителем заболевания является несовершенный гриб Fusarium verticillioides. 2 Причиной возникновения могут быть затяжные дожди и повышенная влажность. 2 На початках образуется розовый налёт, зёрна становятся рыхлыми, тёмными и постепенно разрушаются. 2
• Гельминтоспориоз. 2 Болезнь чаще всего встречается в Краснодарском и Приморском крае, на Алтае, в Подмосковье и Сибири. 2 Зёрна становятся сморщенными, покрываются тёмным мицелием и загнивают. 2
• Повышенная влажность. 3 Из-за неё зерно может преть прямо в початках. 3

Также потемнение зёрен может быть связано с неравномерным созреванием кукурузы, например, из-за разной солнечной освещённости и погодных условий. 5