Лизосомы участвуют в защите клетки от разрушающих ферментов следующим образом:

• Лизосомальная мембрана защищает цитозоль и, следовательно, остальную клетку от разрушающих ферментов внутри лизосомы. 1 Для этого во внутренней части лизосом поддерживается кислая среда (рН 4,5–5,0), в то время как в цитоплазме рН 7,0–7,3. 2
• Клетка дополнительно защищена от любых лизосомальных кислых гидролаз, которые стекают в цитозоль. 1 Эти ферменты чувствительны к рН и плохо функционируют или вообще не функционируют в щелочной среде цитозоля. 1 Это гарантирует, что цитозольные молекулы и органеллы не будут разрушены в случае утечки гидролитических ферментов из лизосомы. 1