Слияние лизосом с другими клеточными структурами происходит по нескольким причинам:

• Переваривание материалов, поглощённых посредством эндоцитоза. 2 Лизосомы могут сливаться с пузырьками или вакуолями, образующимися в результате эндоцитоза, высвобождать в них свои ферменты и переваривать находящиеся внутри пузырьков или вакуолей материалы. 2
• Автофагия. 24 Так клетка поглощает и переваривает внутри лизосом свои собственные ненужные ей структуры. 2 Сначала эти структуры окружаются одинарной мембраной, а затем такой мембранный мешочек сливается с лизосомой, образуя автофагическую вакуоль, в которой структура переваривается. 2
• Выделение ферментов из клетки (экзоцитоз). 2 Иногда ферменты, содержащиеся в лизосомах, высвобождаются из клетки наружу. 2 Например, в процессе развития организма при замене хрящей костной тканью. 2