Мегрельские хачапури отличаются от других видов грузинских хачапури тем, что сыр кладут не только внутрь круглой лепёшки, но и поверх неё. 2 Это создаёт двойную сырную корочку, запечённую до хрустящей золотистой корочки. 1

Также в отличие от других видов, начинка мегрельского хачапури обычно готовится с добавлением сулугуни либо ему подобных сыров, что придаёт блюду уникальный насыщенный вкус и аромат. 1

Ещё одно отличие — тесто: для мегрельских хачапури используют дрожжевое, а для имеретинских — бездрожжевое на мацони или кефире. 5

Кроме того, из-за верхнего сырного слоя приготовить мегрельский хачапури на сковороде не получится, для этого нужна духовка. 2