Да, булочная и пекарня отличаются по типу заведения и по тому, что продают. 15

По типу заведения:

• Булочная — это магазин, торгующий хлебобулочными изделиями. 36
• Пекарня — небольшое немеханизированное предприятие по выпечке и реализации хлебобулочных и кондитерских изделий, как правило, также реализующее их на месте. 24

По тому, что продают:

• В булочной хлеб и изделия из муки только продают, а в пекарне — и пекут, и продают. 15
• В пекарне обычно ассортимент больше: там могут продаваться торты, пирожные, пироги и т. д., а в булочной обычно продаются только булочки и ассортимент не такой большой. 1