Разница между графемами и аллофонами в лингвистике заключается в их функциях и характеристиках.

Графема — минимальная единица письменности, в алфавитных системах письма — буква, в неалфавитных — слоговой знак, иероглиф, идеограмма и другие. 5 Графема однозначно отличима от любой другой единицы письменности, так как обладает набором дифференциальных признаков. 1 Варианты одной и той же графемы называются аллографами. 5

Аллофон — звуковая реализация фонемы, обусловленная конкретным фонетическим окружением. 1 В отличие от фонемы, является не абстрактным понятием, а конкретным звуком речи. 1 Аллофоны — это варианты одной фонемы, которые встречаются в разных позициях или контекстах в словах, но не изменяют значение. 2

Таким образом, графема связана с письменностью, а аллофон — со звуками речи.