Фонемы и графемы отличаются по смыслу и функциям при звуко-буквенном разборе.

Фонемы — это основные звуки речи, которые выполняют смыслоразличительную функцию. 3 Фонемы слышат и произносят. 5 Например, в слове «золотой» первый гласный звук —  [ъ], а фонема —  <о>. 5

Графемы — это знаки, с помощью которых устная речь передаётся на письме. 5 К графеме можно отнести букву, дефис, знак ударения, апостроф, знак препинания и другие символы. 5 Например, графеме «б» может соответствовать ряд звуков: [б]аня (неогубленный твёрдый звонкий звук), [б]ома (огубленный твёрдый звонкий звук), [б’]ить (мягкий звонкий звук) и другие. 1

Таким образом, фонемы — это звуковые единицы, а графемы — графические символы, которые их обозначают. При этом существует прочная двусторонняя связь между фонемой и графемой: каждой фонеме соответствует своя графема. 34