Разница между эндонуклеазами и экзонуклеазами в процессе расщепления ДНК заключается в том, что они выполняют разные функции:

• Эндонуклеазы действуют на внутренние межнуклеотидные связи в молекулах ДНК и РНК, расщепляя их в специфическом участке цепи. 12
• Экзонуклеазы отщепляют нуклеотиды с 3′- или 5'-конца полинуклеотидной цепи и обеспечивают распад нуклеиновых кислот до свободных нуклеотидов. 1

Таким образом, эндонуклеазы расщепляют нуклеотидную последовательность посередине, а экзонуклеазы — с концов. 4