По строению ферменты делятся на простые (однокомпонентные) и сложные (двухкомпонентные): 1

• Простые (протеины). 1 Состоят только из белковой части. 1
• Сложные (протеиды). 1 Помимо белковой части содержат добавочную группу небелковой природы. 1 Если она прочно связана с белковой частью и не может существовать самостоятельно, то называется простетической группой. 1 Если не прочно связана и может существовать самостоятельно, то называется коферментом. 1

Также существуют три основных принципа классификации ферментов: 2

1. По химической природе фермента. 2
2. По химической природе субстрата. 2
3. По типу катализируемой реакции. 2

Согласно Международной классификации, ферменты делят на шесть главных классов: 23

1. Оксидоредуктазы. 23
2. Трансферазы. 23
3. Гидролазы. 23
4. Лиазы. 23
5. Изомеразы. 23
6. Лигазы (синтетазы). 23