Эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы) отличаются от обычных ДНКаз тем, что расщепляют ДНК в определённых местах (сайтах рестрикции). 12 Каждый такой фермент узнаёт определённый участок ДНК длиной от четырёх пар нуклеотидов и расщепляет нуклеотидную цепь внутри участка узнавания или вне его. 2

Обычные ДНКазы также расщепляют ДНК, но ряд из них практически не обладают специфичностью к последовательности оснований в ДНК. 5 Одни ДНКазы разрезают только двухцепочечные молекулы ДНК, другие — одноцепочечные, а третьи активны в отношении и одно-, и двухцепочечных молекул. 5

Таким образом, основное отличие в том, что эндонуклеазы рестрикции воздействуют на конкретные участки ДНК, в то время как обычные ДНКазы в целом не так специфичны к последовательности оснований.