Некоторые микробиологические показатели, которые важны при оценке качества муки:

• Общее количество мезофильных аэробных и факультативно-анаэробных микроорганизмов (КМАФАнМ). 13 Качественная мука не должна содержать кокковых форм бактерий, наличие которых свидетельствует о повышенном содержании влаги, при которой происходит активное размножение микроорганизмов. 3
• Содержание спорообразующих бактерий. 13 В муке встречаются молочнокислые и уксуснокислые бактерии, а также несовершенные дрожжи и споры мицелиальных грибов. 3
• Наличие бактерий группы кишечных палочек (БГКП). 35
• Количество плесневых грибов и дрожжей. 5

Также при оценке качества муки проверяют, содержит ли она опасные химические вещества, например тяжёлые металлы или микотоксины. 4