Популяция сига и волховского сига в реке Волхов снизилась из-за строительства Волховской ГЭС. 23 После этого все пути, по которым рыба шла на нерест в Ильмень, оказались отрезанными. 2

Также на состояние водной экосистемы влияет любая хозяйственная деятельность, например выброс сточных вод или строительство через реку дополнительного моста. 4

Чтобы сохранить вид, за государственный счёт был построен научно-исследовательский институт, который специализируется на выращивании молодняка волховского сига. 4 Каждую осень исследователи отлавливают взрослых особей, берут икру для инкубации, а по весне после выклева личинок учёные отпускают молодь в Волхов. 4

Кроме того, на численность волховского сига влияет неблагоприятная экологическая обстановка в речных водах Новгородской и Ленинградской областей, по которым проходит его сезонная миграция. 1