Налим, обитающий в загрязнённых водоёмах, может быть опасен из-за увеличения заражённости паразитами. 2 При неблагоприятном изменении гидрохимического и газового режимов водоёмов, а также вследствие повышения численности популяций промежуточных хозяев гельминтов, заражённость рыбы паразитами увеличивается. 2

Кроме того, в налиме, как в пресноводной рыбе, содержится вещество, разрушающее витамин В1 в организме. 4 Также эта рыба аллергена и противопоказана людям, страдающим наличием камней в почках или желчном пузыре. 4

Ещё одна опасность заключается в том, что в загрязнённых водоёмах тяжёлые металлы негативно влияют на кормовую базу и организм рыб, снижают их иммунитет к инфекционным и инвазионным заболеваниям. 2