Названия самостоятельных структурных подразделений (департаментов, управлений) пишутся с большой буквы, потому что в них с прописной буквы пишут первое слово и имена собственные. 14
Например: «Департамент делопроизводства и контроля Правительства Российской Федерации». 14
При этом наименования отделов, входящих в состав департаментов и управлений, пишутся со строчной буквы. 14 Также со строчной буквы пишут слова «департамент», «управление», если нет полного названия. 14