Некоторые ограничения метода секвенирования по Сэнгеру при определении больших участков генома:

• Низкая пропускная способность. 1 Метод может обрабатывать только относительно короткие последовательности ДНК (до 300–1000 пар оснований) одновременно. 1
• Невозможность детектировать изменения в некоторой популяции клеток, когда в большей части образца представлена нормальная копия гена. 2 Например, в опухолевых клетках происходят изменения, вызывающие их бесконтрольный рост, но такие изменения не будут присутствовать ни в каких других клетках организма. 2
• Секвенирование по Сэнгеру позволяет детектировать изменения, только если они проявляются не менее чем в 15–20% исследуемой ДНК. 23