Разница между фразовыми глаголами «come up with» и «work out» заключается в их значении:

• «Come up with» означает выдвигать идею, делать предложение. 4 Например: «I had an idea but I didn't dare come up with it» — «У меня была идея, но я не осмелился её выдвинуть». 4
• «Work out» означает разрешиться или получиться, особенно когда речь идёт о результатах или последствиях. 5 Например: «I'm sure everything will work out fine in the end» — «Я уверен, что всё разрешится хорошо в конце». 5

Таким образом, «come up with» описывает процесс выдвижения идеи, а «work out» — процесс разрешения или получения чего-либо.