Разница между филогенетической систематикой и фенетической классификацией заключается в подходе к классификации живых организмов:

1. Филогенетическая систематика рассматривает родственные (генеалогические) отношения как исключительную основу для построения таксономических систем. 1 Задачей филогенетической систематики является определение степени родства, которая прямо пропорциональна времени разделения групп организмов в процессе эволюции. 1
2. Фенетическая классификация сводит таксономические отношения исключительно (или преимущественно) к сходственным, не рассматривая родственные отношения. 1 Организмы представляются суммой элементарных признаков, которым приписывается равный вес. 24 Достаточным основанием для классифицирования служит общее сходство — сумма всех «единичных сходств», получаемых по этим элементарным признакам. 2