Филогенетическая таксономия рассматривает родственные (генеалогические) отношения как исключительную основу для построения таксономических систем. 1 Задачей филогенетической систематики является определение степени родства, которая прямо пропорциональна времени разделения групп организмов в процессе эволюции. 1

Фенетическая таксономия сводит таксономические отношения исключительно (или преимущественно) к сходственным, не рассматривая родственные отношения. 1 Систему строят на основе учёта суммы всех сходств и различий таксонов, получаемых по максимально возможному числу элементарных признаков. 2 Таксон в данном случае выступает в качестве фенона, то есть группы наиболее сходных между собой организмов. 2

Таким образом, основное отличие в том, что филогенетическая таксономия фокусируется на родственных отношениях, а фенетическая — на сходстве организмов. 12