Разница между традиционным эволюционным древом и филогенетической сетью заключается в том, что они представляют разные аспекты эволюционных взаимосвязей. 17

Эволюционное древо (филогенетическое дерево, дерево жизни) отражает взаимосвязи между различными видами или другими сущностями, имеющими общего предка. 810 В таком дереве листья представляют конечные виды, узлы — объекты, разделившиеся на независимо эволюционирующие группы, а корень — общего предка всех рассматриваемых объектов. 38

Филогенетическая сеть — альтернативный вариант представления эволюционных взаимоотношений между таксонами. 15 Она используется для иллюстрации сложных эволюционных историй, которые не могут быть представлены в виде дерева. 1 Например, для событий, сопровождающихся гибридизацией, интрогрессией, горизонтальным переносом генов и другими. 15

Таким образом, эволюционное древо фокусируется на последовательности расхождения линий, а филогенетическая сеть — на сложных эволюционных процессах, которые выходят за рамки древовидной модели. 17