Разница между филогенетическим и фенетическим подходами в таксономии заключается в принципах классификации организмов. 14

Филогенетическая систематика рассматривает родственные (генеалогические) отношения как исключительную основу для построения таксономических систем. 1 Задача подхода — определить степень родства, которая прямо пропорциональна времени разделения групп организмов в процессе эволюции. 1 При построении системы предполагается, что организмы, относящиеся к одному таксону, имели общих предков. 4

Фенетическая систематика, в отличие от филогенетического подхода, сводит таксономические отношения исключительно к сходственным, не рассматривая родственные отношения. 1 Систему строят на основе учёта суммы всех сходств и различий таксонов, получаемых по максимально возможному числу элементарных признаков. 4 Таксон в данном случае выступает в качестве фенона, то есть группы наиболее сходных между собой организмов. 4

Таким образом, филогенетическая систематика фокусируется на эволюционных связях и происхождении организмов, в то время как фенетическая систематика ориентирована на общее сходство организмов, независимо от их эволюционного родства. 110