Основные различия между традиционными и филогенетическими методами систематики:

1. Традиционные методы основаны на классификации на основе одного или нескольких легко наблюдаемых признаков (искусственные системы) или на основе морфологических признаков и общего сходства с использованием как можно большего числа таксономических признаков (природные системы). 7
2. Филогенетические методы используют все известные критерии для интерпретации филогении (эволюции) таксона. 1 В основе такого метода лежит идея, что система должна отражать родственные (генеалогические) отношения между организмами, складывающиеся в результате эволюции. 5

Таким образом, традиционные методы фокусируются на классификации, в то время как филогенетические методы стремятся понять эволюционные взаимоотношения между живыми существами. 8