В слове «лилия» буква «я» обозначает два звука, потому что стоит после гласной. 1
В русском языке есть правило, что буквы «е», «ё», «ю», «я» обозначают два звука, если занимают определённую позицию в слове: 24
Звук, который обозначают эти буквы, называют йотированным: это соединение звука «й» с последующим гласным звуком. 2 В случае с буквой «я» это сочетание — [йа]. 2