Шишкогриб хлопьеножковый считается редким и охраняемым видом, потому что исчезает из-за вырубки кавказских и дальневосточных лесов. 1
Также среди факторов, влияющих на сокращение численности гриба: загрязнённая атмосфера, регулярные лесные пожары, уплотнение почвы, развитие промышленности. 2
Шишкогриб хлопьеножковый занесён в Красные книги России, Республик Адыгея, Кабардино-Балкария, Северная Осетия-Алания, Краснодарского, Приморского и Ставропольского краёв и Сахалинской области. 1