Шишкогриб хлопьеножковый можно встретить в широколиственных и смешанных лесах, часто под дубами, редко под хвойными. 1
В России он распространён на Северном Кавказе (Адыгея, Краснодарский и Ставропольский края, Кабардино-Балкария и Северная Осетия-Алания) и на Дальнем Востоке (Еврейская АО, Приморский край, о-в Кунашир), хотя имеются отдельные находки в Европейской части страны. 4
Вне России шишкогриб хлопьеножковый распространён в Европе, Азии, Африке и Северной Америке. 4
Встречается одиночно или небольшими группами, произрастает с раннего лета по осень. 1 Предпочтительной является кислая почва или грунт холмистой местности. 2