Монгольская жаба считается редким видом в Иркутской области по нескольким причинам:

• Немногочисленность даже в оптимальных биотопах. 1 На численность вида влияют застройка побережья, приводящая к сокращению естественных убежищ и оскудению кормовой базы, весенние палы, пересыхание водоёмов и низкая выживаемость личинок. 1
• Суровые условия региона. 2 Они сдерживают рост численности монгольской жабы на байкальском побережье. 2
• Опасность, которую представляет человек. 35 Потомство жабы регулярно погибает под колёсами автомобилистов в Тажеранских степях, бухте Ая и на острове Ольхон. 34

Вид занесён в Красную книгу Иркутской области как находящийся под угрозой исчезновения (1 категория редкости). 25