Шишкогриб хлопьеножковый важен для экосистемы леса, потому что образует микоризу с дубами и буками, встречаясь одиночно или небольшими группами в широколиственных и смешанных лесах с участием этих древесных пород. 14
Таким образом, он способствует сохранению и поддержанию биоразнообразия в лесных экосистемах, обеспечивая микоризный симбиоз с важными древесными видами.