Глубинное выращивание микроорганизмов предпочтительнее поверхностного по следующим причинам:

• Возможность менять состав питательной среды в широком интервале значений концентраций различных компонентов, добиваясь при этом максимального выхода целевого продукта с единицы объёма ферментационного оборудования. 1
• Сокращение доли ручного труда в технологическом процессе (транспортировка питательной среды, загрузка и разгрузка аппарата). 1
• Меньшие затраты на организацию процесса автоматизации различных стадий. 1
• Более простая последующая переработка биомассы микроорганизмов с целью выделения и очистки готового продукта. 1
• Легче соблюдать стерильные условия при глубинном методе выращивания микроорганизмов, в то время как при поверхностном методе процесс происходит в нестерильных условиях. 5