Роль ядерных пор в транспортировке молекул заключается в обеспечении обмена веществами между ядром и цитоплазмой клетки. 2

Ядерные поры функционируют как молекулярное сито, пропуская частицы определённого размера пассивно, по градиенту концентрации. 1 Ионы, маленькие нейтральные белки, сахара, нуклеотиды, АТФ и гормоны свободно поступают в ядро через ядерный поровый комплекс за счёт диффузии. 1

Для транспортировки более крупных белковых молекул через ядерные поры они должны быть помечены специальной аминокислотной последовательностью — сигналом ядерной локализации (NLS). 1 Белки кариоферины распознают эту последовательность, подхватывают помеченный ею субстрат и курсируют между ядром и цитоплазмой, перенося связанную молекулу в одном направлении: из цитоплазмы в ядро (импортины) или из ядра в цитоплазму (экспортины). 1