В кайнозойскую эру господствовали следующие группы животных:

• Млекопитающие. 12 Среди них выделились группы, которые положили начало современным грызунам, насекомоядным, рукокрылым, китообразным, травоядным, хищным, приматам и другим. 2
• Птицы. 12 Они стали самым эволюционно успешным классом кайнозойской эры, их разнообразие и численность росли очень быстро. 1
• Костные рыбы. 1 В воде доминировали костные рыбы, хрящевые занимали лишь некоторые экологические ниши. 1
• Брюхоногие моллюски. 1 Они хорошо приспособились и к суше, и к пресным и солёным водоёмам. 1
• Насекомые. 25 Среди беспозвоночных наибольшего видового многообразия достигли насекомые. 5