Conditionnel passé и Futur antérieur dans le passé можно отличить по контексту (времени и типу предложений): 13

• Conditionnel passé — контекст в настоящем или прошедшем времени, предложение простое или сложное, без придаточного. 13 Пример: «А ton avis il aurait pu faire ce dessin il у a deux jours» — на мой взгляд, он мог бы сделать этот рисунок два дня тому назад. 1
• Futur antérieur dans le passé — контекст в прошедшем времени, сложное предложение с придаточным. 13 Пример: «Il a dit qu’il ferait ce dessin dès qu’il en aurait fini un autre» — он сказал, что сделает этот рисунок, как только закончит другой. 1

Также Conditionnel passé выражает предположение по отношению к прошлому, а Futur antérieur dans le passé указывает на действие в будущем, которое предшествует другому будущему действию. 35