Ферменты ускоряют процесс гидролиза пептидных связей за счёт того, что связывают молекулу субстрата таким образом, что атакуемая ферментом связь оказывается не только расположенной в непосредственной близости от каталитической группы, но и правильно ориентированной по отношению к ней. 1 В результате вероятность того, что комплекс достигнет переходного состояния, увеличивается. 1

Также ферменты снижают энергетический барьер реакции за счёт уменьшения сил отталкивания между молекулами и ослабления химических связей. 2

Например, пепсин избирательно ускоряет гидролиз пептидных связей, образованных фен и лей, трипсин — арг и лиз, химотрипсин — ароматическими аминокислотами, папаин — арг, лиз и фен и т. д.. 1