Аминокислотные остатки в пептидах отличаются от свободных аминокислот тем, что в пептидах они ковалентно присоединены друг к другу. 2 Это происходит путём образования связи между α-карбоксильной группой одной аминокислоты и α-аминогруппой другой аминокислоты. 2

Кроме того, свободная α-аминогруппа и свободная концевая карбоксильная группа в пептидах разделены значительно большим расстоянием, чем в простых аминокислотах, и поэтому электростатические взаимодействия между ними ослаблены. 1

При этом в остальном химические свойства α-аминной и α-карбоксильной групп пептидов близки к таковым аминокислот: они также являются биполярными ионами, имеют изоэлектрическую точку и проявляют амфотерные свойства. 2