Да, есть различия между варганом и кубызом. rus.ilkhomus.com ru.wikipedia.org
Варган — это самозвучащий музыкальный инструмент, активным элементом которого является язычок, свободно вибрирующий в проёме рамки. {7-host} Варган устанавливают в области рта и приводят в движение защипыванием пальцем или дёрганием за нитку. {7-host}
Кубыз — это название башкирского варгана. ru.wikipedia.org В Башкирии известен деревянный пластинчатый агас-кумыз и металлический тимер-кумыз. ru.wikipedia.org В отличие от алтайских и якутских варганов, башкирские кубызы обладают более певучим звуком, вплоть до звона у высоко настроенных инструментов. {9-host}
Таким образом, варган и кубыз — это не одно и то же, а разные названия одного и того же инструмента. yandex.ru