Да, есть различия между варганом и кубызом. 25

Варган — это самозвучащий музыкальный инструмент, активным элементом которого является язычок, свободно вибрирующий в проёме рамки. 7 Варган устанавливают в области рта и приводят в движение защипыванием пальцем или дёрганием за нитку. 7

Кубыз — это название башкирского варгана. 5 В Башкирии известен деревянный пластинчатый агас-кумыз и металлический тимер-кумыз. 5 В отличие от алтайских и якутских варганов, башкирские кубызы обладают более певучим звуком, вплоть до звона у высоко настроенных инструментов. 9

Таким образом, варган и кубыз — это не одно и то же, а разные названия одного и того же инструмента. 3