Разница между order и grid-auto-flow при перестановке элементов в CSS Grid заключается в том, что каждое из этих свойств решает разные задачи:

1. order позволяет задать порядок элементов. 14 По умолчанию для каждого элемента в сетке это свойство имеет значение 0, поэтому элементы располагаются друг за другом в том порядке, как они определены в разметке HTML. 1 Если задать разным элементам разные значения, они будут отображаться в порядке от меньшего к большему. 3
2. grid-auto-flow изменяет направление элементов. 14 Это свойство принимает два значения: row (значение по умолчанию, элементы располагаются в строку друг за другом), column (элементы располагаются в столбик). 1

Таким образом, order помогает настроить порядок отдельных элементов, а grid-auto-flow — изменить направление размещения элементов в сетке в целом.