Некоторые модификации самолёта Як-40, предназначенные для специальных целей:

• Як-40ДТС — десантно-транспортная и санитарная модификация, предназначенная для наземного и воздушного десантирования людей и грузов, а также для перевозки раненых с возможностью оказания им медицинской помощи. 12
• Як-40К — модификация для грузовых и грузопассажирских перевозок, в грузовом варианте максимальная коммерческая нагрузка увеличена до 3200 кг. 12
• Як-40 «Аква» — самолёт-лаборатория для исследования атмосферы и облаков, проведения активных воздействий на конвективные облака и контроля загрязнения воздушной среды. 13
• Як-40 «Лирос» — самолёт Госкомгидромета СССР, предназначенный для исследования атмосферы и облаков. 13
• Як-40 «Метео» — многоцелевая метеорологическая лаборатория. 13
• Як-40 «Фобос» — летающая лаборатория для проведения научно-исследовательских работ, на самолёте проходили испытания разрабатываемых приборов и оборудования пилотируемых и беспилотных космических аппаратов. 13
• Як-40 «Шторм» — модификация для исследования атмосферных явлений и воздействия на них. 13
• Як-40РЭО — предназначен для лётных испытаний и исследования пилотажно-навигационного оборудования различного назначения (инерциальных систем, высотомеров, доплеровских измерителей и т. д.). 3
• Як-40/М-602 — летающая лаборатория для испытания воздушных винтов. 4