Формат PE отличается от других форматов исполняемых файлов, например ELF и Mach-O, несколькими особенностями:

• Область применения: PE — стандартный формат для исполняемых файлов в системах под управлением Windows NT, в том числе для таких файлов, как .exe, .dll, .sys (для системных драйверов) и .mui. 1 ELF используют в Linux и большинстве Unix-подобных систем, а Mach-O — в macOS и iOS. 13
• Структура: PE-файл состоит из нескольких заголовков и секций, которые указывают динамическому компоновщику, как отображать файл в память. 3 В отличие от ELF, PE-файлы имеют эффективный код, но при наличии перебазирования издержки в использовании памяти могут быть значительными. 3
• Переносимость: формат PE слабо зависит от типа процессора и поэтому подходит для разных платформ. 5 Это подчёркивается в названии формата — Portable Executable («переносимый исполняемый»). 35
• Поддержка архитектур: формат PE поддерживает ряд наборов команд, включая IA-32, x86-64 (AMD64 / Intel 64), IA-64, ARM и ARM64. 1