Некоторые особенности амилопектина в сравнении с амилозой:

• Структура: амилоза имеет линейное строение, амилопектин — разветвлённое. 15 Амилоза состоит из единой цепочки молекул глюкозы, соединённых альфа-1,4 гликозидными связями, амилопектин — из множества цепочек, соединённых альфа-1,4 и альфа-1,6 гликозидными связями. 1
• Содержание глюкозных остатков: амилопектин содержит приблизительно вдвое больше глюкозных остатков, чем амилоза. 3
• Окраска: с раствором иода в йодистом калии водная суспензия амилозы даёт тёмно-синюю окраску, а суспензия амилопектина — красно-фиолетовую. 3
• Поведение в воде: амилопектин сильно набухает в воде, в холодной воде идёт медленное поглощение воды, начиная с 50 °С наблюдается набухание зёрен, а при 70–72 °С — разрушение зёрен крахмала, образование коллоидного раствора и клейстеризация крахмала. 4
• Содержание фосфора: в амилопектине содержание фосфора значительно выше, чем в амилозе (0,20–0,22%). 2