Система самоуправления в коллективе по методике А. С. Макаренко заключалась в том, что воспитанники сами руководили жизнью коммуны посредством чёткой внутренней организации и правил. 2

Главным органом самоуправления было общее собрание. 13 На нём среди воспитанников избирались другие органы самоуправления: совет коллектива (совет командиров), решающий текущие вопросы, санкомиссия, хозкомиссия и так далее. 13

Некоторые особенности системы:

• Демократия: никто не мог отменить решения общего собрания. 2 Именно оно определяло жизнь, труд, быт, досуг, отдых всего коллектива, а иногда и судьбу одного человека. 2
• Сменность должностных лиц: командиров постоянных и сводных отрядов, дежурных командиров, председателя общего собрания. 4
• Работа с активом: с активными членами самоуправления необходимо было постоянно работать: собирать их для обсуждения предстоящих дел, советоваться, разговаривать о том, какие есть трудности в работе. 12
• Создание временных сводных отрядов: они создавались для сельскохозяйственных работ, самообслуживания, подготовки театральных постановок и других нужд. 4

По мнению Макаренко, самоуправление — не только необходимое условие налаживания и сохранения порядка, но и средство воспитания деятельных организаторов, воспитания у каждого члена коллектива ответственности за общее дело и самодисциплины. 15