Принцип работы коферментов в ферментативных реакциях заключается в том, что они вместе с функциональными группами аминокислотных остатков фермента формируют активный центр фермента, на котором происходит связывание с субстратом и образование активированного фермент-субстратного комплекса. 1

Многие коферменты легко отделяются от холофермента и служат переносчиками отдельных атомов или групп атомов, отщепляемых ферментом от субстрата. 3 Например, кофермент А участвует в переносе ацильных групп, что важно для метаболических путей, таких как цикл Кребса и метаболизм жирных кислот. 2

Также коферменты могут стабилизировать структуру фермента, обеспечивая ему правильную трёхмерную форму, необходимую для активности. 2