Разница между Y-хромосомной и митохондриальной ДНК при определении гаплогрупп заключается в способе передачи генетического материала: 23

• Y-хромосомная ДНК (Y-ДНК) передаётся исключительно по отцовской линии, то есть от отца к сыну, но не дочкам. 23
• Митохондриальная ДНК (мтДНК) передаётся по материнской линии, то есть от матери всем детям, сыновьям и дочерям. 2

При этом и Y-ДНК, и мтДНК изменяются только в результате случайной мутации в каждом поколении без смешивания генетического материала родителей. 3

Ещё одна особенность: из-за более компактного размера митохондриальной ДНК отслеживать дрейф некоторых мутаций с её помощью несколько сложнее, чем с помощью ДНК Y-хромосомы. 4