Разница между Y-ДНК и мтДНК в контексте гаплогрупп заключается в способе наследования: 14

• Y-ДНК передаётся исключительно по мужской линии, от отца к сыну. 14 Это делает Y-ДНК идеальным инструментом для изучения миграций и генетической истории мужских линий. 4
• МтДНК передаётся исключительно по материнской линии, от матери к детям обоего пола. 14 Это делает мтДНК ценным инструментом для изучения генетической истории женских линий. 4

Ещё одна разница заключается в том, что гаплогруппы, связанные с Y-ДНК и мтДНК, имеют разные области применения:

• Гаплогруппы Y-ДНК позволяют определять происхождение мужских популяций, их родственные связи и пути расселения по планете. 4 Анализ Y-хромосомных гаплогрупп внес значительный вклад в понимание процессов заселения различных континентов, формирования этносов и генеалогии отдельных фамилий. 4
• Гаплогруппы мтДНК позволяют прослеживать миграции и родственные связи женских популяций, а также определять их происхождение и пути расселения. 4 Анализ мтДНК гаплогрупп внес существенный вклад в понимание процессов миграции древних людей, формирования материнских линий и генеалогии отдельных родов. 4