Некоторые методы, которые используются для определения гаплогрупп в популяционной генетике:

• Генотипирование. 3 В гаплотипе исследуемого человека выделяют специальные маркеры, по которым проводится сопоставление. 1 Самый распространённый способ предполагает использование гаплотипа с 25 маркерами. 1 Однако за длительное время генотип человека претерпел различные мутации, поэтому сейчас используют большее количество маркеров, число которых может достигать 111. 1 Чем больше маркеров используется в процессе исследования, тем более точный результат можно получить. 1
• Полное секвенирование Y-хромосомы. 3 Это позволяет обнаружить более мелкие веточки на Y-хромосомном филогенетическом дереве и точнее изучить филогеографию — узнать, в каких популяциях какие веточки встречаются. 3
• Метод главных компонент (principal component analysis, PCA). 3 Его математическая основа сводится к разложению матрицы данных по разным векторам. 3 График анализа главных компонент наглядно показывает, как группируются популяции в генетическом пространстве, какие из них оказываются генетически близкими, какие — далёкими. 3