Возможно, имелись в виду различия между названиями учебных заведений, связанных с сельскохозяйственной сферой.
Сельскохозяйственный институт — более старое название, например, Уральский государственный аграрный университет был основан в 1940 году и назывался Свердловским сельскохозяйственным институтом. 2
Аграрный университет — более современное название, например, Российский государственный аграрный университет — МСХА имени К. А. Тимирязева. 3
Таким образом, возможно, разница заключается в названии или в истории учебного заведения.