Разница между префиксами и аффиксами в лингвистике заключается в их положении и функции:

1. Префикс — это морфема, которая располагается перед корнем слова. 68 Он уточняет смысл корня, передаёт лексическое значение, иногда выражает и грамматическое значение (например, вид у глаголов). 1
2. Аффикс — это вспомогательная часть слова, присоединяемая к корню и служащая для словообразования и выражения грамматических значений. 15 Аффиксы не могут самостоятельно образовывать слово — только в сочетании с корнями. 1

Таким образом, префикс находится перед корнем, а аффикс — в целом в слове, присоединяясь к корню и внося определённое грамматическое или словообразовательное значение. 57