Разница между муниципальными и автономными образовательными учреждениями заключается в степени финансовой самостоятельности. 3

Муниципальные образовательные учреждения находятся в ведении и на финансировании муниципальных властей. 6 Финансирование осуществляется за счёт средств региональных бюджетов, муниципальных бюджетов, а также определённым образом за счёт государственного бюджета. 6

Автономные образовательные учреждения — это некоммерческие организации, созданные Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта. 24

Автономные учреждения обладают большей свободой в вопросах распоряжения имуществом и осуществления своей уставной деятельности. 4 Они самостоятельно распоряжаются заработанными средствами и имуществом, могут зарабатывать и привлекать дополнительные средства для развития учреждения, самостоятельно планировать бюджет. 4