Разница между государственными и муниципальными образовательными учреждениями заключается в их учредителе:

• Государственные учреждения создаются Российской Федерацией (федеральное государственное образовательное учреждение) или субъектом Российской Федерации (государственное образовательное учреждение, находящееся в ведении субъекта Российской Федерации). 1
• Муниципальные учреждения создаются муниципальным образованием. 1

Ещё одно различие заключается в финансировании: государственные учреждения финансируются за счёт федерального бюджета, а муниципальные — за счёт местного бюджета муниципального образования. 5

Кроме того, различия в типах государственных и муниципальных учреждений заключаются в степени финансовой самостоятельности: автономное учреждение получает доходы от приносящей доход деятельности полностью, а казённое учреждение передаёт доходы от платных услуг и работ в бюджет своего учредителя. 23