В чём разница между гипотезой и конъектурой в лингвистике?

Возможно, имелись в виду различия между понятиями «гипотеза» и «конъектура» в контексте лингвистики.

Гипотеза — это научное утверждение, которое часто формируется с обращением к ненаблюдаемым единицам. libq.ru Гипотезы в лингвистике могут быть, например, о происхождении конкретного слова. azbyka.ru При построении такой гипотезы учёный учитывает свойства целых классов слов, куда входит исследуемое слово, и то, что с ними происходило в ходе истории. azbyka.ru

Конъектура (от лат. conjectura — догадка, предположение) в лингвистике используется в текстологии. old.bigenc.ru Конъектура — это восстановление отсутствующей или испорченной части текста, а также расшифровка фрагмента, который не поддаётся прочтению. old.bigenc.ru Реконструкция текста в таком случае обосновывается историко-лингвистически и данными палеографии. old.bigenc.ru

Таким образом, разница между гипотезой и конъектурой в лингвистике заключается в сферах применения этих понятий: гипотеза — в общем контексте лингвистических исследований, конъектура — в специфическом контексте текстологии.