Разница между фразами «as you wish» и «as you prefer» в английском языке заключается в их значении:
Таким образом, «as you wish» применяется в ситуациях, когда нужно дать возможность другому человеку решить что-то, а «as you prefer» — когда речь идёт о наборе вариантов на выбор. 12
Выбор между этими фразами зависит от конкретного контекста и желаемого эффекта.