Разница между аллографами и начертаниями заключается в их определениях.
Аллограф — это вариант одной и той же графемы, написание, которое отличается от эталонного (стандартного для данной письменности или данного лица) графического написания. 13 Например, для алфавитного письма это различные способы написания одной буквы. 35 В иероглифических письменах — разные варианты иероглифа. 3
Начертание — это реально встречающиеся в печатных и рукописных источниках варианты записи. 1 Начертания шрифта характеризуются едиными стилевыми особенностями рисунка, определёнными пропорциями, насыщенностью, постановкой очка или наклоном знаков, декоративной обработкой контура знаков. 7
Таким образом, аллографы относятся к вариантам написания, а начертания — к конкретным вариантам записи.