Основное отличие между терминами «микрофлора» и «микробиом» в том, что первое понятие описывает типы микроорганизмов, а второе — совокупность геномов этих организмов. 1
Микрофлора — это множество микроорганизмов, которые населяют определённую среду, например, кишечник, кожу, ротовую полость. 36 Обычно под микрофлорой подразумевают полезные микроорганизмы, живущие в симбиозе с организмом. 1
Микробиом — это сообщество микроорганизмов, которые живут вместе в любой данной среде обитания. 7 В понятие «микробиом» входит не только совокупность всех микроорганизмов, но и совокупность всех генов этих микроорганизмов. 8
Таким образом, микрофлора фокусируется на живых организмах, а микробиом — на их генетическом материале.